Der Name trügt: Blaualgen sind keine Algen, sondern Bakterien. Wissenschaftlich heißen sie Cyanobakterien. Sie kommen auf der ganzen Welt vor, meist in stehenden oder fließenden Gewässern aber auch an feuchten Standorten. Unter bestimmten Bedingungen können sie sich massenhaft vermehren und sogenannte Blüten bilden, was auch schon am Bodensee beobachtet wurde. Dann können sie dem Gewässer eine unnatürliche Färbung verleihen, etwa rot oder blaugrün. Besonders bekannt ist die Burgunderblutalge (Planktothrix rubescens), die ihren Namen völlig zu Recht trägt.
Während die Burgunderblutalge wie viele andere Cyanobakterienarten im freien Wasser, also pelagisch, vorkommt, leben die benthischen Cyanobakterien am Grund des Gewässers. Dort können sie zusammen mit anderen Aufwuchsalgen ganze Matten bilden. Unter besonderen Umständen können diese Matten durch Gasblasen auftreiben und dann an der Wasseroberfläche als unangenehme Klumpen in Erscheinung treten. Etwa 40 Arten der Cyanobakterien können teilweise sehr giftige Stoffe produzieren. Diese Cyanotoxine können insbesondere für Hunde gefährlich werden, wenn sie verseuchtes Wasser trinken oder aufgetriebene Algenwatten oder Holzstückchen mit benthischen Cyanobakterien fressen. Aber auch Kleinkinder sollte man unbedingt von diesen Gefahrenquellen fernhalten.