Seenforscher schlugen deshalb bereits in den 1950er Jahren Alarm. Nährstoffe, die vor allem mit ungereinigtem Abwasser in den See gelangten, ließen Pflanzen und pflanzliches Plankton kräftig wachsen. Wegen der damit verbundenen Gefahr für die bis dahin hervorragende Wasserqualität des Bodensees wurde dann 1959 in St. Gallen die Internationale Gewässerschutzkommission für den Bodensee (IGKB) gegründet. Ihre Hauptaufgabe war und ist der Schutz des Sees.

Wie dringend es war, umgehend Schutzmaßahmen zu ergreifen, zeigt der erste Bericht der IGKB zum Zustand des Sees von 1963: „Der See befindet sich gegenwärtig in einer Phase der biologischen Umstellung vom reinen, oligotrophen zum nährstoffreichen, eutrophen Zustand. Die Hauptursache dieser direkten Beeinflussung der Mündungsgebiete sind die organischen Schmutzstoffe.” 1971 zogen die Behörden die Notbremse und verhängten mitten in der Hochsaison wegen „akuter Seuchengefahr” Badeverbote an Strandabschnitten in Langenargen und Friedrichshafen. Grund waren Fäkalkeime. Das Magazin „Der Spiegel“ schrieb in einer Reportage, die Uferzonen seien „unter Umständen anfällig für Cholera und Kinderlähmung”.

Dank dem Verbot phosphathaltiger Waschmittel und vor allem milliardenschwerer Investitionen in die Abwasserreinigung weist der Bodensee heute wieder ähnlich niedrige Nährstoffgehalte auf wie vor diesen Jahren der unnatürlichen Überdüngung – ein langwieriger und kostspieliger Prozess, doch er hat sich gelohnt.