Es fehlen Vernetzungen mit Seitengewässern, und starke Abflussschwankungen, hervorgerufen durch Wasserkraftwerke (Schwall-Sunk), wirken sich negativ aus. Auen, die für diese Gewässerlandschaft eigentlich typisch wären – fehlen ganz.

Diese Defizite wirken sich auch auf den Fischbestand aus: Obwohl im Alpenrhein nach wie vor viele Arten existieren, sind die Fischdichten sehr gering. Das zeigt ein 2019 durchgeführtes Fischmonitoring. Dabei konnten insgesamt 18 Fischarten nachgewiesen und knapp 3000 Individuen gefangen werden – mehr als die Hälfte davon waren Strömer. Diese europaweit seltene, strenggeschützte Art konnte ihren Bestand gegenüber dem letzten Monitoring 2013 deutlich erhöhen. Die Bestände der meisten anderen Fischarten hingegen gingen teilweise deutlich zurück. Dies betrifft ebenso die eigentliche Leitfischart Bachforelle wie die standortfremden, nordamerikanischen Regenbogenforellen. Insgesamt, so das Fazit des Monitorings, ging der bereits sehr geringe Fischbestand in den vergangenen sechs Jahren weiter zurück. Bei den meisten Arten kann nicht mehr von selbst erhaltenden, stabilen Populationen ausgegangen werden.

Damit geschützte Arten erhalten und sich die Fischbestände erholen können, müssen dringend Maßnahmen zur Verbesserungen des Lebensraums im Alpenrhein umgesetzt werden. Denn, so der Monitoringbericht, „aufgrund der immer noch artenreichen Fischfauna besteht ein hohes Revitalisierungspotenzial“. Derzeit sind ökologische Verbesserungen sowohl im Rahmen des Projektes RHESI, bei der Aufweitung Maienfeld/Bad Ragaz, und auch auf der Grenzstrecke FL/SG in Planung.