Es war nach dem 1. Weltkrieg und der Spanischen Grippe eine ungewöhnliche Leistung engagierter Bürger, im Jahr 1920 einen Verein für Seenforschung und Seenbewirtschaftung in Langenargen zu gründen. Heute würde man von einer NGO, einer Nichtregierungsorganisation reden, die damals in bemerkenswert vorausschauender Weise Nutzung und Schutz des Sees miteinander verbinden wollten. Die fischereiliche Nutzung des Sees stand dabei im Vordergrund dieser Bürgerinitiative, die bei der Gründungsversammlung bereits 180 Mitglieder und 12 Stifter hatte. Doch ebenso wichtig war auch, die mögliche Gefährdung des Sees durch Umwelteinflüsse und Nutzungen zu erkunden. So haben es sich die beiden führenden Initiatoren für die Gründung des Vereins – Prof. Reinhard Demoll und Dr. h.c. Eugen Kauffmann – mit ihrem Team zur Aufgabe gemacht, das Ökosystem Bodensee grundlegend zu verstehen – und damit auch die Fischerei.
Nachdem 1925 der Institutsneubau in der Unteren Seestraße 81 in Langenargen eingeweiht wurde, konnte die Forschung dann richtig Fahrt aufnehmen: Nun wurde mit der wissenschaftlichen Bestandsaufnahme des biologischen, chemischen und physikalischen See-Inventars begonnen. Die wissenschaftlichen Meriten ließen nicht lange auf sich warten. 1936 wurde das Institut an die Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften, die Vorläuferorganisation der heutigen Max-Planck-Gesellschaft, angegliedert. In dieser Zeit – wie auch danach – prägten namhafte Limnologen die Arbeit im Institut.
1960 wurde das Institut verstaatlicht, 1970 dann die beiden Seenforschungsinstitute in Konstanz und Langenargen zusammengelegt. 1975 kam die Eingliederung des Instituts in die damals neu gegründete Landesanstalt für Umweltschutz in Baden-Württemberg. Seit 1990 ist das „Institut für Seenforschung“ nun der Abteilung 4 – Wasser – der Landesanstalt für Umwelt Baden-Württemberg LUBW zugeordnet. Den „Verein der Freunde des Instituts für Seenforschung und des Bodensees e.V.“ gibt es aber auch heute noch: Er unterstützt das Institut nach wie vor nach Kräften.
