Hinzu kommen die Mikroorganismen. Außerdem laufen gezielte Programme zum Seeboden sowie zu den aquatischen Neobiota, also neu eingewanderten Tier- und Pflanzenarten. Die Fische werden in eigenen Untersuchungsprogrammen außerhalb des IGKB-Monitorings bearbeitet.

Messungen in verschiedenen
Lebensräumen

Die Probenahmen, Untersuchungen und Messungen werden in den verschiedenen Seeteilen durchgeführt, also im Obersee, Überlinger See, Untersee sowie je nach Fragestellung auch im Seerhein. Berücksichtigt werden ferner die unterschiedlichen Lebensraumzonen, also die Ufer- und Flachwasserzone (Litoral), das Freiwasser (Pelagial) sowie der Seeboden im Tiefenbereich (Profundal). Je nach Programm erfolgen die Untersuchungen in zeitlich unterschiedlichen Perioden: Die physikalisch-chemischen Parameter zum Beispiel in zwei- bis vierwöchigem Abstand, die Struktur der Uferlinie alle sechs Jahre. Wasserstände wiederum werden wie auch andere hydrologische Parameter mit kontinuierlichen Dauermessungen erfasst.

All diese Programme haben zum Ziel, möglichst umfassende aktuelle Kenntnisse über den Zustand des Bodensees zu liefern. Nur so lassen sich die Richtlinien der IGKB und die jeweiligen nationalen Vorgaben zum Schutz des Sees einhalten.